土曜日の朝、平賀良男（ベンガル）と、その妻・みずえ（永島暎子）が店に朝食を食べにくるようになってからもうひと月くらいになる。穏やかにマスター（小林薫）のしじみ汁を飲む二人は微笑ましく映り、サヤ（平田薫）ら常連客の間でも仲の良い夫婦として話題にのぼる。
ある日、珍しく一人で店にやってきた良男。孫が生まれるために、みずえが広島の実家に戻ったようだ。ただ、その孫は良男の孫ではなく、過去の夫と血の繋がった孫である。良男はみずえにとって三番目の夫だった。マセていて色気のあるみずえに、同級生だった中学の頃から良男はずっと憧れてきたのだが、みずえの過去にはよくない噂もあった。
トラブルが続いたことで、みずえはなかなか東京に戻ってこない。徐々に疑念を募らせていく良男は、店で出会った囲碁の記録係の女性・勅使河原真梨子（作間ゆい）に惹かれはじめていく。

「きんぴらごぼうあるかしら？」颯爽とした印象の女、市川千鶴（つみきみほ）が店に入ってくる。驚いて目を見開く、常連客で地回りのヤクザ・ゲン（山中崇）。千鶴は、ゲンの高校時代の英語の教師であり、部活の顧問、そして憧れの女性だった。有頂天のゲンは、その晩千鶴と飲み明かし、千鶴に「愛してるぜー！」と叫ぶ。
千鶴は教師の仕事を辞めたあと、通訳の仕事でニューヨークに渡っていた。帰国は10年ぶりとなる。時間を惜しむように昔の仲間や世話になった人と会う千鶴。その理由をマスター（小林薫）にだけほのめかす。そんなことは知らず、千鶴との時間を待ちわびるゲン。高校を辞めて上京するときに千鶴が持たせてくれたきんぴらごぼうの味を思い出しながら、千鶴のために堅気の男になろうと誓っていた。

「俺がレバにらで」「あたしがにらレバです」刑事である野口（光石研）と夏木いずみ（篠原ゆき子）は、コンビを組んで事件にとりかかっているが、まるで前世はカタキ同士だったのではないかというぐらい、ソリがあわない。刑事という仕事への理解も、捜査手法も、何もかもが異なる二人は、ことあるごとにぶつかりあっている。
野口は、ある殺人事件で夫を失った未亡人・三上佐代子（阿部朋子）とその娘の相談にのっており、単なる同情以上の感情を佐代子に抱いていた。同僚たちは「ありゃ病気だな」と噂しており、これがはじめてではなさそうだ。それを知ったいずみはマスター（小林薫）に、野口とのコンビ解消をこぼすのだが…。

今日は大晦日。マスター（小林薫）はいつもより早くに店を開ける。マスターの店で年を越したい常連客がいるからだ。忠さん（不破万作）、マリリン（安藤玉恵）、小道（宇野祥平）、金本（金子清文）、八郎（中山祐一朗）、そしてかすみ（谷村美月）やキミトシ（高橋周平）。常連客は次々と店にやってくる。年が変わるギリギリになって、ゲイバーで働く小寿々（綾田俊樹）とコウちゃん（吉見幸洋）も合流。みなで年越しそばをすする。
一方、食堂近くの交番では、野口（光石研）、いずみ（篠原ゆき子）、そして小暮（オダギリジョー）がマスターのうった年越しそばを食べながらともに過ごしていた。
皆で迎えた新年。お互いに挨拶しあう常連客たち。乾杯しようとしたそのとき、晴れ着姿のお茶漬けシスターズ（須藤理彩／小林麻子／吉本菜穂子）も飛び込んできた。
そして、ヤクザ者の竜（松重豊）、手下のゲン（山中崇）も現れる。竜は、餅つきの準備を済ませていた。盛り上がる一同。マスターの店で過ごす、かけがえのない時間は続く。