シガンシナ地区を襲った巨人は、そこで生活していた人々の日常を一変させた。悲鳴と怒号が飛び交うなか、我先にと逃げる人々をおもむろにつまみあげ、次々に口の中へと放り込んでいく巨人の姿は、人類はただのエサに過ぎないことを実感させるのに十分だった。目の前にいた母を救えず、己の無力さを痛感したエレンは、巨人への憎しみを募らせる。「あいつらを駆逐してやる……この世から……一匹、残らず！」

巨人殺しの最も有効な手段「立体機動術」を身に付けるため訓練兵団に入団したエレン、ミカサ、アルミン。キース教官の課す厳しい訓練の過程で、出身も考え方も異なる同期同士の連帯感が芽生える。立体機動術の前段階である姿勢制御訓練をミカサやアルミン、同期の仲間たちが難なくクリアしていくなか、エレンは無様に失敗してしまう。兵士としての適性がなければ開拓地へと送られ、人類の食糧を支える「生産者」になるほかないが……。

訓練兵団に入団して3年。キース教官のもと厳しい訓練を経たエレン、ミカサ、アルミンたちに、いよいよ卒団の時期が迫っていた。そんななか、エレンは「立体機動術」などの巨人殺しの技術を磨くことが、同時に巨人からいち早く安全圏に逃れる技術に繋がっている矛盾に気づく。訓練兵団での成績上位者は内地にて王の元で民を統制し、秩序を守る憲兵団に入れるのだが……。